Étude de la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les élevages bovins ayant recours à la paromomycine contre la cryptosporidiose du veau

Assessment of the In Vitro Sensitivity of Bacteria Collected from Fecal Samples of Young Calves Treated or Not With Paromomycin Against Cryptosporidiosis

¹ École Nationale Vétérinaire d’Alfort 7, av. du Général-de-Gaulle, 94704 Maisons-Alfort Cedex
² MSD Santé Animale 49070 Beaucouzé

Résumé

Pour traiter des veaux affaiblis et atteints de cryptosporidiose, éleveurs et vétérinaires sont souvent démunis et ont recours en priorité aux antibiotiques, ici la paromomycine dont la cible primaire est la population d’Entérobactérales du tractus digestif. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’impact de cette pratique sur la sélection de souches résistantes à la paromomycine et, plus largement, à d’autres antibiotiques parmi les populations bactériennes du microbiote intestinal des veaux. L’étude expérimentale a été conduite dans 10 élevages partenaires où les fèces de 74 veaux ont été prélevées en deux temps après administration et/ou exposition à la paromomycine. La confrontation des données sur la conduite d’élevage des animaux (et les soins qu’ils ont reçus) et la résistance évaluée de 1 435 isolats d’E. coli a permis de mettre en évidence un impact significatif des traitements sur le taux de résistances et de multirésistances des souches étudiées, notamment 7 jours après la fin des traitements ou des expositions. Un retour aux valeurs initiales a été observé environ 2 mois après la fin des traitements ou expositions. L’étude n’a pas déterminé la part de gènes de résistance libérés dans l’environnement après la destruction des bactéries sélectionnées. Replacés dans un contexte « One Health » de lutte contre l’antibiorésistance, les résultats engagent à utiliser d’autres solutions pour gérer la cryptosporidiose en élevage et à limiter le recours à la paromomycine.

Abstract

To treat weakened calves affected by cryptosporidiosis, farmers and veterinarians often find themselves at a loss and have no other option but to resort to the use of antibiotics, specifically paromomycin, which primarily targets the Enterobacteriaceae population in the digestive tract. The aim of this study was to assess the impact of this practice on the selection of drug-resistant bacteria strains from the calf microbiota, against paromomycin and other antibiotics. The experimental study was conducted in ten partner farms, where 74 calves’ feces samples were collected at two time points following administration and/or exposure to paromomycin. Comparing the data on animals’ husbandry practices (and cares provided) with the evaluated resistance of 1,435 isolates of E. coli revealed a significant impact of treatments on the drug-resistance and multidrug-resistance of the studied strains, especially seven days after the end of treatment exposure. The study did not determine the proportion of resistance genes released into the environment following the destruction of the resistant bacteria. Placed in the context of a “One Health” approach to tackle antibiotic resistance, our results encourage the use of alternatives in the management of cryptosporidiosis in cattle and aim to limit the reliance on paromomycin.