La diversité génétique des pathogènes majeurs

Résumé

Escherichia coli, Staphylococcus aureus et Streptococcus uberis sont les principaux pathogènes majeurs responsables d'infections intramammaires en élevage laitier. Les techniques de biologie moléculaire récentes et le séquençage génomique à haut débit ont permis d’affiner les études de ces bactéries et de montrer la diversité génétique que recouvraient ces noms d’espèce. Un des objectifs des travaux de recherche actuels et à venir est de mettre en évidence un éventuel lien entre le génotype bactérien et la typologie clinique des mammites. Les souches d’Escherichia coli de mammites sont plutôt caractérisées par une absence de facteurs de virulence spécifiques. Des travaux récents ont toutefois mis en évidence des régions génétiques plus fréquentes chez les E. coli isolées de mammites, notamment une région impliquée dans l’acquisition du fer. Les souches de S. aureus isolées d’infections mammaires sont également très variées mais possèdent des propriétés particulières qui permettent de leur attribuer une spécificité d’hôte. Si des différences de potentiel pathogène ou de contagiosité sont avérées, le lien entre un équipement génétique ou un profil phénotypique particulier et un type d’infection précis reste hypothétique. Quant à l'espèce Str. uberis, elle présente également une certaine diversité génétique et au niveau d'un élevage, de nombreuses souches peuvent être isolées. Les derniers travaux de génotypage de souches isolées de mammites confirment que les modèles épidémiologiques environnemental et mixte, c'est-à-dire à la fois environnemental et contagieux, prédominent. Même si des facteurs de virulence putatifs ont été identifiés dans l’espèce Str. uberis, aucun ne semble individuellement déterminant. Cependant, l'accroissement du nombre de génomes séquencés devrait permettre de mieux apprécier la diversité des souches de Str. uberis, et d'ouvrir de nouveaux champs de recherche pour maîtriser ce pathogène. Ces trois espèces bactériennes se caractérisent par une grande diversité de profils génétiques qui est à l'image de la grande amplitude de sévérité des infections mammaires observée sur le terrain.